Los proyectos de investigación que se llevan a cabo en el CISEI están relacionados con las líneas de investigación del INSP:

• Prevención y Control del Cáncer
• Salud Sexual y Prevención de SIDA e ITS
• Prevención y Control de Enfermedades Transmitidas por Vector
• Prevención y Control de Tuberculosis
• Vacunas
• Medicamentos en Salud Pública: Acceso, Uso y Resistencia Antimicrobiana

Estos proyectos se enfocan principalmente en el desarrollo de investigación básica y aplicada sobre problemas de salud prioritarios en el país. Como son las enfermedades infecciosas bacterianas (Helicobacter pylori, Pneumococcus, Staphylococcus aureus, Mycobacterium tuberculosis), virales (VPH, dengue), y parasitarias (Malaria, Chagas), entre otras.