El Centro de Investigaciones en Salud Pública (primera denominación del CISP) se fundó el 20 de agosto de 1984, como una respuesta de la Secretaría de Salud a la necesidad de formar en el país recursos humanos de alto nivel en el área de la salud pública y de producir conocimiento científicamente validado para racionalizar la toma de decisiones. Desde los primeros años de actividad, el grupo fundador enfocó sus esfuerzos hacia temas fundamentales para la salud de la población, como la epidemiología de los padecimientos emergentes, la migración y sus consecuencias en la salud y la sobrevivencia en la infancia.
Paralelo a la fundación del CISP, se modernizaron los programas académicos de la Escuela de Salud Pública de México, fundada en 1922 y se creó el Centro de Investigaciones sobre Enfermedades Infecciosas. La convergencia de intereses entre estas tres instancias dio como resultado la creación del Instituto Nacional de Salud Pública,  INSP, el 26 de enero de 1987.
El nuevo apoyo institucional dio gran impulso y proyección al CISP. Se llevó a cabo un importante proceso de reclutamiento que incluyó a expertos especializados en áreas poco cubiertas, pero prioritarias de la salud pública. Este incremento de recursos humanos permitió generar nuevas líneas de investigación y profundizar en las que ya se estaban desarrollando.

La constante evolución del Centro, así como la magnitud e impacto de su labor de investigación han hecho necesarias profundas modificaciones en su estructura. Tal vez las más significativas sean las que dieron vida al Centro de Investigación en Sistemas de Salud en 1995 y al Centro de Investigación en Nutrición y Salud en 2001.

Desde su fundación, el CISP se ha esforzado para contribuir, a través de la investigación, la docencia y la asesoría, al conocimiento y control de los problemas prioritarios de salud, al desarrollo de la salud pública y al diseño de formas racionales de organización de los servicios de salud.

En la actualidad, el CISP desarrolla investigación científica sobre la distribución de enfermedades en diferentes grupos de la población; evalúa los distintos determinantes de las enfermedades en la transición del proceso salud-enfermedad; genera y evalúa intervenciones destinadas a disminuir el impacto de las mismas, y promueve la formación de profesionales de alto nivel en las ciencias básicas de la salud pública.

Creación del Centro de Investigación en Salud Pública - CISP		Conformación del Instituto Nacional de Salud Pública - INSP		Traslado a las nuevas instalaciones del INSP en Cuernavaca, Morelos		Cambio de denominación: Centro de Investigación en Salud Poblacional