Seminario CISEI: Metagenómica en el Golfo de México


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El Centro de Investigación sobre Enfermedades Infecciosas (CISEI) invita a la comunidad académica al seminario “Metagenómica en el Golfo de México” que será impartido por la Dra. Ernestina Godoy-Lozano el 02 de mayo de 2019 a las 12:00 horas en el Aula Magna. Esta actividad también será transmitida a través del sistema de videoconferencia.

Resumen seminario

El Consorcio de Investigación del Golfo de México (CIGoM) es conformado por alrededor de 200 investigadores del país de diversas instituciones mexicanas. La iniciativa interinstitucional surgió en 2014 con el objetivo de que México cuente con herramientas de observación, desarrollo biotecnológico y modelos numéricos que permitan establecer planes de contingencia y actividades de mitigación en caso de ocurrir derrames de hidrocarburos a gran escala en el Golfo de México.

Una de los principales objetivos del consorcio es establecer la línea base de microorganismos tanto en agua como en sedimentos marinos y estudiar las capacidades metabólicas con las que cuentan para vivir en un medio con presencia de hidrocarburos constante.

Para llegar a establecer esta línea base, se realizó un análisis de las herramientas de anotación taxonómica tanto del gen ribosomal 16S como de Whole Metagenome Shotgun, así como de las bases de datos usadas con más frecuencia para estos análisis. Una vez que se estableció qué software utilizar y la base de datos más adecuada, se determinó la línea base de bacterias del suroeste del Golfo de México y su relación con distintas variables abióticas como la concentración de hidrocarburos y metales. También se estableció la comunidad bacteriana y el potencial metabólico de la columna de agua y sedimentos en las regiones de perdido y Campeche.

Resumen curricular:

La Dra. Ernestina Godoy Lozano es egresada de la carrera de Químico Farmaco-Biólogo de la Facultad de Ciencias Químicas de la Universidad Autónoma de San Luis Potosí. Realizó su maestría en Ciencias Biomédicas Básicas en la Facultad de Medicina de la Universidad Autónoma de San Luis Potosí. Cuenta con el doctorado en Ciencias en la Salud Pública con área de concentración en Enfermedades Infecciosas del Instituto Nacional de Salud Pública. Durante el doctorado, realizó una estancia predoctoral en la compañía Integral Molecular ubicada en Filadelfia, EUA. Y como parte de su tesis doctoral estuvo involucrada en la creación de un software bioinformático capaz de analizar secuencias de anticuerpos obtenidas por medio de secuenciación masiva (Secuencias de 454 FLX Titanium y de Illumina Miseq).

Al finalizar el doctorado trabajó en el Centro Nacional de Servicios de Constatación en Salud Animal (CENAPA) del Servicio Nacional de Sanidad, Inocuidad y Calidad Agroalimentaria de SAGARPA, para coordinar el análisis bioinformático de secuencias generadas por métodos de secuenciación masiva de alta resolución de enfermedades que afectan la salud animal, acuícola y pesquera e inocuidad agroalimentaria para la caracterización genética e investigación de organismos patógenos.

Realizó una estancia postdoctoral en el Instituto de Biotecnología de la Universidad Nacional Autónoma de México en el Consorcio de Investigación del Golfo de México (CIGoM), en donde se encargaba de la comparación y desarrollo de métodos de asignación taxonómica basados en amplicones del gen ribosomal 16S y datos de secuenciación Whole Metagenome Shotgun, anotación taxonómica y funcional de metagenomas y de genomas de cepas puras, desarrollo de software para la implementación de un pipeline de ensamble y anotación taxonómica de genomas de aislados bacterianos y de la administración del cluster de CIGoM.

Actualmente es SNI-1 y se incorpora al CISEI para impulsar la creación de una unidad de bioinformática que dé apoyo transversal al centro.

Para seguir la transmisión en línea

Ingresar a la liga: https://videoconferencia.telmex.com/j/1248914467?pwd=QzdFcmcvSit0and6MmhhUnhIS2tHdz09
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Para unirte desde sistemas de videoconferencia H.323/SIP: 162.255.37.103 (US West) o 162.255.36.103 (US East)

ID de la reunión: 124 891 4467
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Última actualización:
miércoles 26 agosto 2020 16:47:24 por Webmaster INSP